Les données massives en santé : Enjeux, mythes et projets pour Université Côte d'Azur

Le 13 novembre dernier à l’amphithéâtre Le Galet de l’Hôpital Pasteur 2 a eu lieu une rencontre autour de la problématique des données massives en santé. Cette rencontre organisée par Université Côte d’Azur et le Centre Universitaire Hospitalier de Nice a permis de présenter les différents projets collaboratifs UCA/CHU/Partenaires privés soutenus par l’Idex UCAJEDI ainsi que le Medical Data Center d’UCA.


Publication : 23/11/2017
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Comment avoir accès et exploiter un nombre croissant de données hétérogènes, à savoir les « Big Data » ? C’est la question avec laquelle Jean Marc Gambaudo, président d’Université Côte d’Azur, a ouvert la conférence qui a eu lieu le 13 novembre dernier à l’amphithéâtre Le Galet de l’Hôpital Pasteur 2. Cette question dans le cadre des données de santé est le fil rouge qui connecte l’Idex UCAJEDI et le Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHUN), au sein de Université Côte d’Azur, grâce notamment à la Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions (MSI). Il s’agit à la fois d’un défi commun et d’une ressource d’échanges transdisciplinaires.

Figurant parmi les thèmes stratégiques de l’Idex, les Data Sciences trouvent applications dans plusieurs projets développés notamment au sein de la MSI, « maison » de rencontre de plusieurs disciplines ayant un langage commun. Environnement à la fois scientifique et technique, transversal et à destination du monde académique et des entreprises, la MSI est membre du réseau MSO et s’appuie sur les chercheurs d’UCA et les puissances de calcul mutualisées d’UCA et ses partenaires. Parmi les objectifs de la MSI, son directeur Stéphane Descombes a énuméré l’animation scientifique autour de la modélisation, la simulation, l’exploitation des données, le calcul et la visualisation ; un lien fort avec le tissu industriel ; une offre de formation de haut niveau ; des soutiens financiers sous forme d’appels à projet (PEPS, SUNSET, SPIRIT).

Pour mener à bien les objectifs scientifiques, la MSI va installer des centres d’expertise recherche directement au sein des entités membres d’UCA ; dans ce cadre, le Medical Data Center (MDC) est le premier de ces centres d’expertise. Au sein du CHU de Nice, il sera le moteur du dialogue entre les chercheurs en Data Sciences et ceux du domaine médical au sein d’UCA, afin de mener à bien plusieurs projets de recherche centrés sur la bio-informatique et le traitement de grandes bases de données médicales.

En tant que plateforme pour exploiter les données issues du domaine médical, scientifique et environnemental, le MDC, a souligné sa responsable Véronique Paquis, sera confronté à de nombreux défis, à savoir le stockage de ces données, leur interopérabilité, ainsi que leur anonymisation et autres questions éthiques et législatives s’y rapportant. Génétique et maladies rares, cancérologie et santé-environnement sont les thèmes prioritaires du MDC. Dans les 30 prochains mois, période à l’issue de laquelle l’Idex UCAJEDI devra défendre sa pérennisation, le MDC devra avoir fait preuve de son efficacité dans la mise en œuvre de 2 projets pilotes dans le domaine des maladies rares et du cancer. A terme, le MDC exploitera les données environnementales de la Métropole Nice Côte d’Azur en lien avec les centres de références d’UCA. Outre l’excellence scientifique, les objectifs sur le long terme sont les suivants : pérennisation du MDC dans l’écosystème IDEXJEDI, ouverture vers des partenaires industriels et création d’une véritable filière de formation.

La deuxième partie de la conférence a présenté deux projets soutenus par le programme Data Sciences de UCA : le projet LungMark - Biomarqueurs biologiques et radiologiques pour le diagnostic de maladies pulmonaires, porté par Hervé Delingette (Inria), Charles-Hugo Marquette (Pneumologie, CHUN) et Paul Hofman (Pathologie clinique et expérimentale, CHUN), et le projet IADB - Intégration et Apprentissage sur les Données Biomédicales, porté par Johan Montagnat (laboratoire I3S, UNS) et Pascal Staccini (Département d’Information Médical, CHUN). A partir d’un partenariat entre le CHU et Inria Sophia Antipolis Méditerranée, le premier projet vise à améliorer la détection précoce et la prise en charge de trois pathologies pulmonaires : le cancer du poumon, les bronchopneumopathies chroniques obstructives et la fibrose pulmonaire. Plus précisément, il vise à identifier des biomarqueurs combinant information clinique, biologique et imagerie médicale permettant de diagnostiquer précocement un cancer et de mesurer l’évolution de pathologies respiratoires chroniques (la BPCO et la fibrose pulmonaire). En revanche, le projet IADB attaque les verrous scientifiques suivants : l’intégration de données biomédicales hétérogènes (structurées ou non), pouvant correspondre à plusieurs fragments d’une base ou d’une cohorte ou à des informations complémentaires sur un objet d’étude biomédical pouvant comporter une échelle de temps différente ou un périmètre de géolocalisation différent pour constituer un entrepôt ; la mise en œuvre de chaînes de traitement sur des ressources de calcul intensives mais néanmoins accessibles à des structures soin ou de santé. Il s’intéressera en particulier aux algorithmes d’apprentissage profond (Deep Learning), qui, s’ils ont montré des performances inégalées dans la résolution de nombreux problèmes, sont aussi connus pour leurs besoins en puissance de calcul.

Pour finir, Marc Barret, directeur opérationnel du programme innovation d’UCAJEDI a présenté les actions pour développer des projets en partenariat avec le monde industriel. Deux projets UCA/CHU avec une forte participation industrielle ont été présentés : RADVISE-X, en partenariat avec Therapixel, et HealthPredict en partenariat avec SynchroNext.