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Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions

Le MDLab : un centre d’expertise en Data Science au service de la recherche médicale

Moteur du dialogue entre les chercheurs en Data Science et ceux du domaine médical au sein d’Université Côte d'Azur, le Medical Data Laboratory (MDLab) est installé au CHU de Nice. Il a été créé sous l'impulsion de la Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions (MSI) dans le cadre du projet IDEX UCAJEDI.

L'objectif du MDLab est de répondre à des questions de recherche médicale centrées sur la bio-informatique, la modélisation mathématique et la bio-statistique, aboutissant au traitement de grandes bases de données issues du domaine médical et environnemental.

Confronté aux principaux défis posés par le traitement de ces données, à savoir leur stockage, leur hétérogénéité, leur sensibilité sur les plans éthique et législatif, le MDLab s’est attaché à respecter le nouveau règlement européen sur la protection des données (RGSP) dont l’application est entrée en vigueur le 25 Mai 2018.

Objectifs

L’activité du MDLab, portée par la collaboration entre Université Côte d'Azur et le Centre Hospitalier de Nice –CHUN, s’inscrit dans le programme structurant Data Science du projet IDEX UCAJEDI.

Le MDLab mène actuellement deux projets "preuve de concept" (« Génétique » et « Santé et Environnement »), visant à lever des verrous très différents en terme d’interopérabilité, d’hétérogénéité ou de sécurité des données massives. Une fois terminée cette phase pilote en 2020, le MDLab soutiendra le développement de la recherche sur d'autres problématiques de santé au sein d’Université Côte d'Azur.

Que vous soyez un praticien du CHU ayant une question médicale nécessitant l’analyse de données massives, ou un chercheur d'Université Côte d'Azur avec une méthodologie innovante ayant besoin de données médicales pour l’appliquer, le MDLab vous accompagnera dans la rédaction d’un protocole ou d’un projet de recherche avant soumission à un appel à projets évalué par le comité stratégique du MDLab. Toujours sous la responsabilité de ce comité stratégique, le MDLab aidera également à la réalisation de projets déjà évalués scientifiquement par Université Côte d'Azur, pouvant impliquer des partenaires privés. De plus, le MDLab souhaite développer une véritable offre de formation concernant les nouvelles compétences qui permettent d’aborder la question des « data sciences » en médecine.

Équipe

Les décisions concernant l’activité et les missions du MDLab sont prises, en lien avec la gouvernance d’UCAJEDI, par un comité stratégique constitué de représentants des membres d’Université Côte d’Azur, présidé par le Pr Véronique Paquis-Flucklinger (PU-PH au CHU de Nice).

Le MDLab étant un centre d’expertise de la MSI, son personnel travaille sous l’autorité hiérarchique du directeur de la MSI, le Pr Stéphane Descombes. Depuis janvier 2019, le Dr Silvia Bottini, Directrice Opérationnelle du MDLab, en assure le bon fonctionnement, et coordonne l’expertise et les missions des autres ingénieurs MSI impliqués dans le centre : le Dr Marco Milanesio, en charge des questions d’infrastructure informatique, David Pratella, ingénieur bioinformaticien, et Fanny Simões, ingénieure biostatisticienne.

Le MDLab s’appuie aussi sur un vaste bassin de ressources, représenté par des praticiens très actifs dans la recherche médicale au CHU et des chercheurs UCA de très haut niveau en modélisation, statistique et intelligence artificielle.

Contact  : 

Axes de recherche

Génétique et maladies rares, cancer, santé-environnement sont les axes de recherche actuels ou en cours de développement du MDLab. Ces axes de recherche peuvent bénéficier des bases de données provenant de plusieurs sites :

  • le CHU de Nice ;
  • les laboratoires d’UCA ;
  • la Métropole Nice Côte d’Azur (données issues de l’IMREDD) ;
  • le Système National des Données de Santé (SNDS) couvrant de façon exhaustive et permanente les aspects essentiels de la santé de la population vivant en France.

Rôle du MDLab dans les projets de recherche

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Infrastructure

Infrastructure

Le matériel informatique UCAJEDI  choisi après étude des besoins est une plateforme rack par Dell, hébergée par le CHU de Nice, dans la salle machine du site Pasteur. Il est composé de 2 serveurs de calcul et d'un serveur de stockage, au-dessus desquels une infrastructure cloud (VMware WSPHERE) a été déployée. 

Les deux serveurs de calcul sont les modèles DELL R740, avec (cumulativement) 1 To de mémoire et 16 To de stockage. Le serveur de stockage (DELL R740XD) contient environ 90 To de disques, dont environ 70 sont réservés au stockage de données. Il est possible de rajouter d’autres briques de stockage et de CPU/GPU, selon les projets pris en charge à l’avenir.

L'infrastructure de virtualisation permet de créer autant de serveurs que nécessaire sous forme de machines virtuelles. Chaque projet possède sa propre tranche d'espace de stockage allouée, dédiée et réservée : les données de différents projets ne peuvent pas être fusionnées. 

Bien que le MDLab n’ait pas pour vocation de stocker des données, cela peut être le cas pour des projets de recherche bien identifiés, pendant la durée de traitement de ces données (par le MDLab ou par une entité extérieure) et jusqu’à la parution des publications scientifiques liées aux projets.