Job offer Research Engineer in Software Engineering (M/F)

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Publié le 2 novembre 2023 Mis à jour le 2 novembre 2023

du 2 novembre 2023 au 1 janvier 2024

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Université Côte d'Azur

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French Below

Job offer Research Engineer in Software Engineering (M/F)

Employer description
Université Côte d'Azur (UniCA) is a large Cultural, Professional and Scientific institution which fundamental missions are the training of students and professionals, research of excellence and innovation. Since January 1st, 2020, this Public institution aims to develop the 21st century model for French universities, based on new interactions between disciplines (multi-disciplinarity and trans-disciplinarity), with a desire for collective dynamics articulating Training-Research-Innovation, as well as strong local, national and international partnerships with the public and private sectors.
Winner of the funding program Initiative of Excellence JEDI (IDEXJEDI) in 2016, of the interdisciplinary institute for artificial intelligence project 3IA in 2019 and of a project of university research school (EUR DS4H) in 2017, Université Côte d'Azur is engaged in a trajectory of transformation and excellence, which aims to give it the rank of a major research-intensive university, anchored in its territory and internationally oriented. Université Côte d'Azur directly counts more than 3,000 employees and welcomes more than 30,000 students each year.
Université Côte d'Azur comprises multiple campus located mainly in Nice, Sophia-Antipolis and Cannes but widely distributed between La Seyne-sur-Mer and Menton. It thus benefits from a privileged geographical location between the sea and the mountains, offering a pleasant living environment for its staff and students. Its location in the heart of Europe combined with the ease of access to Nice Côte d'Azur International Airport allows it to be an open door to the academic and scientific world.
Find out more here: “Joins us at Université Côte d’Azur”

Working environment
The engineer’s office will be located at the Institute of Molecular and Cellular Pharmacology (IPMC, Sophia-Antipolis), joint research unit (UMR7275) which brings together 20 research teams as well as technological facilities and platforms. He/She will integrate the bioinformatic Hub bringing together 8 support engineers for the analysis of quantitative biology data.

Job description
The recruited engineer will be in charge of the following tasks:
• To contribute to the development of the ODIN application (Omics Data Integration Network) which aims to collect, manage, analyze, and disseminate quantitative biology data produced as part of research projects by teams from the UniCA community. The system will collect, secure and execute the bioinformatics processing and analyses (scripts/notebooks) developed within partner teams and platforms.
• To design, implement and maintain data preparation procedures supporting the adoption of good management processes (FAIR principles)
• To interact with ongoing national projects that are developing Bioinformatic Data Brokerage solutions (IFB)
• To contribute to the definition of appropriate metadata for the annotation of the different types of managed data and analyzes
• To provide documentation and support for users to fostering these new procedures through the design and implementation of tutorials and trainings

Main activities
• To design and develop a relational database (SQL)
• To Design and create user and programming interfaces (GUI, API)
• To set up automatic data processes on UniCA online platform (Virtual Machine, container, calculation cluster)
• To set up connectors between the database and versioning, analysis, and processing tools (GitLab, JupyterLab)
• To participate in meetings and working groups to ensure the adequacy between the tool and the collaborators need
• To write, in French and in English, documentation for users, administrators and developers
• To participate in coordinating the network of computer specialists

Required profile
• BAC+5 (or more) level in computer science
• Good communication in French and in english, listening skills, strength of proposal, good team work skills

Skills and qualities required
• Good knowledge in backend (Django, Ruby on Rails, Laravel/Symphony) and frontend development (VueJS, Bootstrap)
• Good knowledge of SQL database design and querying
• Good knowledge of the object model and design patterns
• Good knowledge of testing tools (unit and functional) and best practices in software quality
• Good knowledge of the Git versioning tool and continuous integration development cycles (Github, GitLab)
• Knowledge of containerization solutions (docker, singularity)
• Knowledge of Linux environments
• Knowledge of English (read, written and spoken)

Additional skills also appreciated
• Knowledge of authentication methods and directories (openLDAP, SSO)
• Knowledge of an automatic deployment tool (Ansible, Salt)
• Knowledge of agile development
• Culture of Free Software and Open Data

Job location
The work will be carried out within the Bioinformatics Hub of the Institute of Molecular and Cellular Pharmacology (IPMC) in Valbonne-Sophia-Antipolis (8 employees). The IPMC is a joint research unit (UMR7275) formed between the CNRS and Université Côte d'Azur. Its 20 world-class research teams and its state-of-the-art common technological services and platforms, representing a workforce of approximately 220 people of 20 different nationalities, are spread over 2 buildings with an area of 8,000 m². The ODIN project is part of a collective approach of Université Côte d'Azur integrating the main actors related to the analysis of data produced by biology institutes. In order to maintain strong interactions between the University partners, regular missions will thus be carried out by the engineer in the other institutes: Nice (IBV, C3M, IRCAN), Sophia-Antipolis (ISA).

Terms and Remuneration
One-year fixed-term contract from Université Côte d'Azur (credits made available by the Academy of Excellence 4 "Complexity and Diversity of Life" of IDEXJEDI).
Salary may vary between 2,500 and 3,700 € per month depending on the candidate profile.

Applications (CV + covering letter) should be sent to or by January 1st, 2024.


English above

Fiche de poste Ingénieur de Recherche en ingénierie logicielle (H/F)

Description de l’employeur
Université Côte d’Azur (UniCA) est un grand Établissement Public à Caractère Scientifique Culturel et Professionnel dont les missions fondamentales sont la Formation des étudiant·e·s et des professionnel·le·s, une Recherche d’excellence et une Innovation au service de tous et toutes. Depuis le 1er janvier 2020, cet établissement public expérimental vise à développer le modèle du 21ème siècle pour les universités françaises, basé sur de nouvelles interactions entre les disciplines (pluridisciplinarité et transdisciplinarité), avec une volonté de dynamique collective articulant Formation-Recherche-Innovation, ainsi que de solides partenariats locaux, nationaux et internationaux avec les secteurs public et privé.
Lauréate de l’Initiative d’Excellence JEDI (IDEXJEDI) en 2016, du projet d’institut interdisciplinaire pour l’intelligence artificielle 3IA en 2019 et d’un projet d’école universitaire de recherche (EUR DS4H) en 2017, Université Côte d’Azur est engagée dans une trajectoire de transformation et d’excellence, qui vise à lui donner le rang d’une grande université intensive en recherche à la fois ancrée dans son territoire et tournée vers l’international. Université Côte d’Azur emploie directement plus de 3 000 personnels et accueille chaque année une population de plus de 30 000 étudiant·e·s.
Université Côte d’Azur se compose de différents sites localisés principalement à Nice, Sophia Antipolis et Cannes mais largement répartis entre la Seyne-sur-Mer et Menton. Elle bénéficie ainsi d’une situation géographique privilégiée entre mer et montagne offrant un cadre de vie agréable pour ses personnels et étudiant·e·s. Sa localisation au coeur de l’Europe associée à la facilité d’accès de l’Aéroport International Nice Côte d’Azur lui permet d’être une porte ouverte sur le monde académique et scientifique.
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Environnement de travail
L'ingénieur(e) en informatique recruté(e) sera positionné(e) à l’institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC, Sophia-Antipolis), unité mixte de recherche (UMR7275) qui regroupe 20 équipes de recherche et des services et plates-formes technologiques. Il/Elle intégrera le pôle de bioinformatique regroupant 8 ingénieurs support sur l’analyse de données de biologie quantitative.

Descriptif du poste
La personne recrutée se verra confier les missions suivantes :
• Contribuer au développement de l’application ODIN (Omics Data Integration Network) qui vise à collecter, gérer, analyser et diffuser les données de biologie quantitative produites dans le cadre de projets de recherche des équipes de la communauté UniCA. Le système permettra de stocker et de traiter de manière sécurisée les données et les scripts d’analyses bioinformatiques (scripts/notebooks) développées au sein des équipes et des plateformes
• Concevoir, mettre en oeuvre et maintenir des procédures de préparation des données soutenant l'adoption de bonnes pratiques de gestion (principes FAIR)
• Interagir avec les projets nationaux en cours qui développent des solutions de courtage de données en bioinformatique
• Contribuer à la définition des métadonnées appropriées à l’annotation des différents types de données et analyses gérées
• Assurer la documentation et l'accompagnement des utilisateurs pour l'adoption de ces nouvelles procédures à travers la conception et la réalisation de tutoriaux et formations

Activités principales
• Concevoir et développer une base de données relationnelle (SQL)
• Concevoir et réaliser des interfaces utilisateur et de programmation (GUI, API)
• Mettre en place des processus automatiques de traitement de données sur la plateforme dématérialisée d’UniCA (Machine virtuelle, container, cluster de calcul)
• Mettre en place des connecteurs entre la base et des outils de versioning, d'analyse et de traitement (GitLab, JupyterLab)
• Participer aux réunions et groupes de travail pour assurer l'adéquation de l'outil avec les besoins des collaborateurs des différents partenaires
• Rédiger en français et en anglais la documentation pour les utilisateurs, les administrateurs et les développeurs
• Participation à l’animation du réseau des informaticiens partenaires

Profil recherché
• Niveau BAC+5 ou plus en informatique
• Bonne communication en français et en anglais, capacités d'écoute, force de proposition, goût pour le travail en équipe

Compétences et qualités requises
• Connaissance en développement de backend (Django, Ruby on Rails ou Laravel/Symphony) et fontend (VueJS, Bootstrap)
• Bonne connaissance en conception et requêtage de bases de données SQL
• Bonne connaissance du modèle objet et des patrons de conception (design patterns)
• Bonne connaissance des outils de test (unitaire et fonctionnel) et des bonnes pratiques en qualité logicielle
• Bonne connaissance de l'outil de versioning Git et des cycles de développement en intégration continue (Github, GitLab)
• Connaissance des solutions de conteneurisation (docker ou singularity)
• Connaissance des environnements Linux
• Connaissance de l’anglais lu, écrit et parlé

Des compétences additionnelles seront aussi appréciées :
• Connaissance des méthodes d'authentification et annuaires (openLDAP, SSO)
• Connaissance d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt)
• Connaissance en développement agile
• Culture du Logiciel Libre et Open Data

Localisation de l’emploi
Le travail s’effectuera au sein du Hub de bioinformatique de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) à Valbonne-Sophia-Antipolis (8 agents). L’IPMC est une unité mixte de recherche (UMR7275) constituée entre le CNRS et Université Côte d'Azur. Ses 20 équipes de recherche de renommée internationale et ses services et plateformes technologiques mutualisées de pointe, représentant un effectif d'environ 220 personnes de 20 nationalités différentes, se répartissent sur 2 bâtiments d'une superficie de 8 000 m². Le projet ODIN s’inscrit dans une démarche collective d’Université Côte d’Azur intégrant les principaux acteurs liés à l’analyse des données produites par les instituts de biologie. Afin de maintenir des interactions fortes entre les partenaires des missions régulières seront ainsi opérées par l’ingénieur-e dans les autres instituts : Nice (IBV, C3M, IRCAN), Sophia-Antipolis (ISA).

Modalités et Rémunérations
Contrat à Durée Déterminée d’un an d’Université Côte d’Azur (crédits mis à disposition par l’Académie d’Excellence 4 « Complexité et Diversité du Vivant » de l’IDEXJEDI).
Rémunération comprise entre 2.500 et 3.700 € brut par mois selon profil du candidat.

Les candidatures (CV + lettre de motivation) sont à adresser à ou jusqu’au 1er janvier 2024.
Du 2 novembre 2023 00:00 au 1 janvier 2024
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