Cancerology and Translational Research

Retrouvez ci-dessous le descriptif des UE obligatoires et optionnelles du parcours Cancérologie et Recherche Translationnelle

Enseignements obligatoires en M1

UE 03Physiopathologie et Médecine moléculaire

Responsable : Olivier SORIANI et Raphael RAPETTI-MAUSS (Olivier.SORIANI@unice.fr; rrapettima@unice.fr)

Niveau souhaité : M1 ou M2

Objectifs : Comprendre les bases moléculaires des pathologies afin de penser les nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques

Thèmes abordés :

- Physiologie des Epithelia et pathologie associées (Dr R. Rapetti-Mauss)
- Pathologie inflammatoire du tube digestif ; mucoviscidose (Dr R. Rapetti-Mauss)
- Glycémie, diabète et canaux ionique (Dr O. Soriani)
- Développement et bioélectricité (Dr O. Soriani)
- Canaux ionique et réponse immunitaire (Dr O. Soriani)
- Physiologie du globule rouge (H. Guizouarn)
- Pathologies du globule rouge ; paludisme et anémies familiales (H. Guizouarn)
- Activité électrique cardiaque ; infarctus et remodelage de la signature électrique (JM. Mienville)
- Adressage des CI (D. Bichet)

Modalités du contrôle des connaissances :
Contrôle terminal 70% et présentations orales 30%

UE 18 Signalisation cellulaire

Responsable : Julie MILANINI (Julie.MILANINI@unice.fr)

Niveau souhaité : M1

Pré-requis : UE de Biochimie et de Biologie cellulaire en Licence. Notions d’enzymologie

Objectifs : connaître les principales grandes voies de signalisation de la cellule eurcaryote en conditions normale et pathologiques

Thèmes abordés :

• Cycle cellulaire (J. Milanini)
• Récepteurs à activité et Tyrosine Kinase (J. Milanini)
• Trafic intracellulaire (P. Barbero)
• Adhérence et matrice extracellulaire (E. Van Obberghen-Schilling, )
• Récepteurs à 7 domaines transmembranaires (E. Macia)
• Petites protéines G (M. Franco)
• Dynamique membranaire (G.Drin)
• Apoptose (F. De Graeve)
• Révisions et/ou nouveau cours (J. Milanini et/ou un nouvel intervenant

UE 23 Immunologie fondamentale

Responsable: Nicolas Glaichenhaus (glaichen@ipmc.cnrs.fr)

Intervenant : Nicolas Glaichenhaus : nicolas.glaichenhaus@univ-cotedazur.f ; Thomas Simon : simon@ipmc.cnrs.fr

Thèmes abordés :

• Les preuves de l'existence de la réponse immunitaire
• Les techniques courantes en immunologie
• Les organes lymphoïdes et les cellules de l'immunité
• Le complexe majeur d'histocompatibilité
• La différenciation et l'activation des lymphocytes T
• La différenciation et l'activation des lymphocytes B
• La capture et la dégradation des antigènes

UE 26 Pharmacologie de la molécule au médicament

Responsable : Patricia Lebrun (Patricia.LEBRUN@unice.fr)

Niveau souhaité : M1 et /ou M2

Objectifs : Comprendre les processus de découverte, la caractérisation et la mise sur le marché de nouveaux médicaments. Illustrations avec quelques grandes classes de médicaments.

Contenu : 40h Cours/TD sous formes de cours et d’analyse de documents/publications.

Thèmes abordés :

• Absorption, distribution, biodisponibilité (E. Macia)
• Test activité protéique, affinité (L. Counillon)
• Drug design (J. Golebiowski)
• Electrophysiologie (F. Duprat)
• Pharmacologie des récepteurs membranaires et des canaux ioniques (E. Deval)
• Pharmacologie de la douleur (E. Lingueglia)
• Pharmacologie des échangeurs Na+/H+ (L. Counillon)
• Pharmacologie du traitement du cancer (C. Onesto)
• Pharmacologie du diabète (P. Lebrun)

Modalités du contrôle des connaissance :
2 sujets (poids équivalent) sont réalisés (étude de documents).

Enseignements optionnels en M1

Une UE à choisir parmi :

UE 07 Statistiques appliquées à la biologie

Responsable : Marc Bailly Bechet

Objectif : L'objectif de cette UE est d'apprendre aux étudiants à prévoir leurs expérimentations et analyser leurs résultats en optimisant le traitement statistique de leurs données. Elle s'adresse aux étudiants des différents parcours, quel que soit le type de données obtenues. Seront traités par exemple les aspects plans d'échantillonnage et d'expérience, les analyses multivariées, GLM, etc ...

L'UE se déroulera sous la forme d'études de cas permettant d'utiliser et d'interpréter les outils statistiques les plus adaptés.

Laboratoire(s) associé(s) : UMR CNRS – INRA – UNS Interactions biotiques et Santé Végétale

Equipe pédagogique : P. Coquillard (MCU UNS), M. Bailly-Bechet (MCU UNS), M. Poirié (PR UNS), N. Ris (IR INRA), autres intervenants

UE 14 Génétique des grandes pathologies 

Responsable : Sylvie Bannwarth (bannwarthsylvie@yahoo.fr)

Niveau souhaité : M1 et M2

Pré-requis : Maîtriser les principes de base en biologie moléculaire et en génétique

Objectifs :

Comprendre les mécanismes moléculaires et génétiques à l’origine des pathologies génétiques Maîtriser les méthodes et outils permettant l’exploration de maladies génétiques.

Modalités du contrôle des connaissances : épreuve écrite

Thèmes abordés :

Les modes d'hérédité (mendélien et non mendélien) :

• Mode de transmission des caractères mendéliens et mécanismes non traditionnels d'hérédité (S. Bannwarth)

Les bases moléculaires des pathologies génétiques :

• Mutations et leurs effets : bases moléculaires et méthode d'identification (P. Flucklinger)
• Syndrome de Christianson et retards mentaux (L. Counillon)
• Laminopathies et progeria (P. Roll)
• Génétique et physiopathologie des cancers épidermiques (T. Magnaldo)
• Diabète et régénération
• Cycle cellulaire méiotique et trisomie : an old problem (A. McDougall)
• Génétique des canaux ioniques et troubles du rythme (J. Barhanin)

Les méthodes d'analyse avec l'apport des nouvelles technologies :

• Caryotype humain : techniques et indications (H. Karmous-Benailly)
• Cytogénétique moléculaire : principes et intérêts dans les retards mentaux (V. Duboc)
• Intérêt du NGS et du séquençage d'exome dans les maladies mendéliennes (S. Saadi)
• Cellules souches normales et cancéreuses (T. Virolle)
• Intérêt de l'exome : un nouveau mécanisme de SLA (S. Bannwarth)
• Exemples d'applications des méthodes de cytogénétique (V. Duboc)

Intérêt des modèles animaux :

• Souris transgéniques et souris KO : méthode d'obtention et analyse des phénotypes (V. Vidal)
• Le poisson zèbre comme modèle pour l'étude des pathologies humaines (V. Duboc)
• Le drosophile comme modèle pour l'étude des pathologies humaines (P. Thérond)
• Le poisson zèbre, un organisme modèle en recherche : exemples d'applications (V. Duboc)

Les nouvelles approches thérapeutiques pour les maladies rares :

• Chondrodysplasie et approches thérapeutiques innovantes (E. Gouze)

Analyse bioinformatiques :

• Interprétations de variants (analyse de fichiers VCF) (D. Pratella, V. Duboc, S. Bannwarth)

UE 15 Les technologies Omiques

Responsable : Christophe Becavin (Christophe.BECAVIN@univ-cotedazur.fr)

Niveau souhaité : M1/M2

Pré-requis : Notions de Biologie moléculaire, Notions sur la régulation transcriptionelle, Notions sur le génome (organisation des gènes, polymorphisme) et la génétique (transmission des caractères, liaison génétique entre deux gènes, association entre un caractère et un gène), biochimie des protéines et des biomolécules. Bases de données en biologie (ENA, Genbank, Uniprot, InterPro, Gene Ontology…). Utilisation des navigateurs de génome. Des documents de remise à niveau seront fournis.

Objectifs :
L'étudiant devra être capable de :

comprendre des analyses expérimentales omiques présentées dans les articles scientifiques proposer une analyse omique pour répondre à une question biologique interpréter les données obtenues après analyses bioinformatiques des données omiques et les différents modes de représentation des résultats connaître les enjeux de recherche actuels liés aux approches omiques

Modalités du contrôle des connaissances :

Examens écrits portant sur l’analyse d’articles présentant des résultats issus des technologies omiques. Examen TP machine sur la recherche et l’analyse de données omiques.

Transcriptomique (K. Robbe-Sermesant) TP Analyse de données (sur machine) (K. Robbe-Sermesant, L.E. Zaragosi, C. Sabourault) Génomique (K. Robbe-Sermesant) Protéomique (C. Sabourault, M. Mehiri) Métabolomique (C. Sabourault, M. Mehiri) Séances de révisions (C. Sabourault, K. Robbe-Sermesant)

Contenu : Présentation des différentes technologies pour la génomique et la transcriptomique et leur évolution (microarray et séquençage nouvelle génération). Description des analyses transcriptomiques et des étapes d’analyse différentielle d’expression génique. Approches pour l’étude de la régulation transcriptionnelle et nouveaux développements technologiques actuels. Stratégies et analyses en génomique incluant les approches GWAS (Genome Wide Association Studies). Approche omique sur cellules uniques. Présentation des stratégies et instrumentation pour les analyses de protéomique et de métabolomique. Description des étapes d’analyse en protéomique et métabolomique (identification, quantification, localisation, interaction). TD : analyses d’articles et études de cas. TP : analyses de données publiques et personnelles omiques (GEO, Array Express, navigateurs de génomes, analyses MS, ACP).

Thèmes abordés :

• Transcriptomique (K. Robbe-Sermesant)

• TP Analyse de données (sur machine) (K. Robbe-Sermesant, L.E. Zaragosi, C. Sabourault)

• Génomique (K. Robbe-Sermesant)

• Protéomique (C. Sabourault, M. Mehiri)

• Métabolomique (C. Sabourault, M. Mehiri)

• Séances de révisions (C. Sabourault, K. Robbe-Sermesant)

Modalités du contrôle des connaissances :

Examens écrits portant sur l’analyse d’articles présentant des résultats issus des technologies omiques. Examen TP machine sur la recherche et l’analyse de données omiques.

UE 16 Génétique fonctionnelle

Responsable: Pierre Frendo (Pierre.Frendo@univ-cotedazur.fr)

Niveau souhaité : M1 ou M2

Objectifs :

Les étudiants acquerront les bases de la compréhension des mécanismes de régulation de l’expression des gènes et la connaissance des outils utilisés pour l’étude de ces mécanismes. L’analyse et la présentation de publications ainsi que la présentation d’un sujet de recherche participeront au développement des capacités à synthétiser le contenu de documents 9 scientifiques en anglais, à le présenter sous la forme de communications orales et à argumenter leurs présentations.

Contenu :

Le développement, la croissance et les interactions des organismes avec le milieu sont généralement accompagnées de modifications de l’expression de leur génome et de modifications cellulaires. Les bases moléculaires de ces modifications seront étudiées en utilisant différents modèles d’interactions. L’accent sera mis sur les approches expérimentales permettant de mettre en évidence la diversité des mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation des génomes eucaryotes que ces mécanismes soient génétiques ou épigénétiques. L’étude de ces mécanismes sera replacée dans le cadre plus général de la signalisation cellulaire allant de la perception d’un signal jusqu’à la modulation de l’expression génique. Enfin, les bases moléculaires de la relation génotype phénotype seront étudiées et en particulier les relations entre mutations et variabilité phénotypique et entre pléiotropie et interactions géniques.

Thèmes abordés :

• Régulation génétique eucaryote / spécificité génétique fonctionnelle des nématodes / Analyse et présentation d'articles (L. Zurletto)
• Cours régulation épigénétique / présentation sujet de recherche / présentation examen (P. Frendo)
• Les micro ARN (S. Jaubert-Possamai)
• Outils génomique, transcriptomique, protéomique (C. Sabourault)
• Spécificité génétique fonctionnelle des poissons zèbres (M. Fürthauer)
• Spécificité génétique fonctionnelle des drosophiles (C. Ghiglione)
• Génétique quantitative et plasticité phénotypique (N. Ris)

Modalités du contrôle des connaissances :
3 contrôles réalisés :

• Analyse et présentation d'article (25%)
• Présentation sujet de recherche (25%)
• Examen final avec documents (50%)

UE 25 Nouvelles approches thérapeutiques

Responsable : Michèle Teboul (Michele.Teboul@univ-cotedazur.fr)

Intervenants et équipes de recherches associées :

Michèle Teboul, Franck Delaunay, Isabelle Mus-Veteau, Sabine Lindenthal, Joelle Chabry, Thierry Virolle, Valérie Pierrefite-Carle, Nathalie Rochet, Catherine Heurteaux

Thèmes abordés :

• La chronothérapeutique des cancers
• Système circadien et métabolisme
• Le vieillissement- les sirtuines
• Les maladies du prion
• Les cellules souches et thérapie cellulaire
• Les cellules souches et cancer
• Ingénierie tissulaire osseuse-biomatériaux
• Exploration des pathologies cérébrovasculaires et thérapeutique
• Transporteurs en Imagerie et Radiothérapie Oncologique
• Vaccins thérapeutiques en cancérologie

Modalités du contrôle des connaissances :

Session 1 : un examen de 3 heures avec 2 sujets de 90 minutes chacun
Session de rattrapage : un examen écrit de 1h30

Enseignements obligatoires en M2

UE 38 Mécanismes de l'oncogenèse et Biologie du cancer

Attention Enseignement avec calendrier spécifique (Parcours M2 Cancérologie)

Responsable : Corine Bertolotto (Corine.BERTOLOTTO@univ-cotedazur.fr), Lauris Gastaud (lauris.gastaud@nice.unicancer.fr ) et Marius Ilie (ilie.m@chu-nice.fr)

Description du contenu de l’enseignement :

• De la cellule normale à la cellule cancéreuse : Bases de l’oncologie, de l’immortalisation et la transformation, de la tumeur bénigne (polype) au cancer, Les grandes voies de signalisation cellulaire, développement tumoral et métastase
• Génétique et épigénétique des cancers : Oncogènes et gènes suppresseurs de tumeur, RCP moléculaire et médecine personnalisée, pigénétique et cancer, ARN non codant
• Métabolisme énergétique de la cellule cancéreuse : Reprogrammation métabolique de la cellule cancéreuse, Intérêt clinique du métabolisme, PET SCAN, dérivés glucose
• Inflammation et immunité : Environnement, Niche, Inflammation et cancer, Immunité anti-tumorale, les voies d’échappement de la tumeur à la réponse immune.
• Mécanismes de la dissémination métastatique : Polarité et cytosquelette cellulaire, les fibroblastes associés au cancer, rôle dans la progression tumorale, migration, intravasation, angiogenèse, dissémination et traitements anti-angiogéniques.

Les enseignements se situent à l'interface entre la recherche fondamentale en cancérologie et l’oncologie clinique.

L'enseignement se fera sous forme de cours magistraux et de travaux dirigés. L’étudiant sera amené à participer lors de ces enseignements, qui se veulent interactifs et constructifs.

Compétences à acquérir :

Au terme des enseignements de cette UE l’étudiant

- Aura intégré les mécanismes de la transformation tumorale, impliquant des changements génétiques, épigénétiques, inflammatoires et métaboliques et de la dissémination métastatique faisant intervenir le stroma tumoral et l’angiogenèse

- Sera capable d’identifier des stratégies thérapeutiques

- Pourra proposer de nouvelles options thérapeutiques

Modalités pédagogiques 

En présence

Prérequis obligatoires

M1 scientifique validé, médecine, pharmacie, école vétérinaire ou écoles d'ingénieur

UE 39 Diagnostiquer le cancer : techniques et technologies au service du chercheur et du clinicien

Attention Enseignement avec calendrier spécifique (Parcours M2 Cancérologie)

Responsable : Corine Bertolotto (Corine.BERTOLOTTO@univ-cotedazur.fr), Lauris Gastaud (lauris.gastaud@nice.unicancer.fr ) et Marius Ilie (ilie.m@chu-nice.fr)

Description du contenu de l’enseignement :

• Biopsies liquides : hématopoïèse normale et pathologiques, cellules souches, ADN et cellules tumorales circulantes, exosomes, facteurs pronostiques biologiques, marqueurs tumoraux et suivi de maladie résiduelle.
• Biopsies solides : diagnostic, pronostic et theranostic des cancers, cytogénétique, outils d’aide à l’analyse des biopsies et machine learning.
• Cellules souches et OMIque : cellules souches intratumorales et cellules souches pluripotentes induites, innovations technologiques à l’échelle de la cellule unique : génomique/protéomique/métabolomique
• Imagerie histologique et modèles animaux : Immunohistochimie classique et multiplex, immunofluorescence, short term-culture, patients derived xenograft, imagerie intravitale, modèles in et ex-vivo
• Canaux ioniques et imagerie médicale : canaux ioniques, transporteurs NIS et applications cliques, imagerie fonctionnelle et applications thérapeutiques, nouvelles techniques d’imagerie médicale et apports de l’intelligence artificielle, évaluation en cancérologie

Les enseignements offrent, pour chaque thématique, une description des aspects fondamentaux puis leurs implications en recherche clinique et en thérapeutique.

L'enseignement se fera sous forme de cours magistraux et de travaux dirigés. L’étudiant sera amené à participer lors de ces enseignements, qui se veulent interactifs et constructifs.

Compétences à acquérir

Au terme des enseignements de cette UE l’étudiant :

- maitrisera les modalités de diagnostic du cancer et les possibilités theranostiques - - connaitra les techniques et technologies utilisées en recherche fondamentale et appliquée

- Sera capable, pour un projet d’étude en oncologie, de définir les outils de recherche adaptés

Modalités pédagogiques

En présence

Prérequis obligatoires

M1 scientifique validé, médecine, pharmacie, école vétérinaire ou écoles d'ingénieur

UE 40 Innovations thérapeutiques en cancérologie

Attention Enseignement avec calendrier spécifique (Parcours M2 Cancérologie) 

Responsable : Corine Bertolotto (Corine.BERTOLOTTO@univ-cotedazur.fr), Lauris Gastaud (lauris.gastaud@nice.unicancer.fr ) et Marius Ilie (ilie.m@chu-nice.fr)

Description du contenu de l’enseignement :

• Innovations en thérapies ciblées et mécanismes de résistance : mécanismes de survie et de mort cellulaires et leurs implications en clinique et recherche clinique, facteurs prédictifs de réponse aux thérapies ciblées, utilisation des inhibiteurs de tyrosine kinase dans le contrôle de la prolifération cellulaire, apports du chimiste.
• Innovations en immunothérapies et mécanismes de résistance : opportunités et challenge en immunothérapies, inhibiteurs de points de contrôle et leur activité sur le système immunitaire, néoantigènes/protéogénomique/immunopeptidomique pour le développement d’immunothérapie personnalisée, CarT-cells.
• Innovations en radiothérapie : opportunités et challenges en radiothérapie, utilisation des techniques innovantes dans le cancer du sein et de la prostate, protonthérapie, stéréotaxie, hadronthérapie, radiosensibilisation et effet abscopal.
• Chimiothérapie anticancéreuse : mécanismes d’action et place dans la stratégie thérapeutique, contourner les résistances, nanomédecine et bioingénierie, différences pharmacologiques entre sujet jeune et âgé.
• Innovations en Chirurgie du cancer : principes de la chirurgie carcinologique, apports de de la technologie dans le planning pré-opératoire, chirurgies mini-invasives et robotisées, optimisation de l’oeil du chirurgien, traitements adjuvants per-opératoires, respect de la fonction.

Les enseignements ont pour objectif de présenter les bases fondamentales qui sous-tendent les innovations récentes ou à venir et leurs implications en clinique et recherche clinique en cancérologie.

L'enseignement se fera sous forme de cours magistraux et de travaux dirigés. L’étudiant sera amené à participer lors de ces enseignements, qui se veulent interactifs et constructifs.

Compétences à acquérir

Au terme des enseignements de cette UE l’étudiant

- connaitra les principes de la prise en charge thérapeutique du cancer par chimiothérapie, chirurgie, radiothérapie, immunothérapie et thérapies ciblées.

- sera capable d’intégrer ces techniques dans une prise en charge globale.

- sera informé des innovations récentes dans les différents domaines du traitement du cancer

- Sera capable de dégager les limites des possibilités thérapeutiques et les axes de recherche à développer.

Modalités pédagogiques

En présence

Prérequis obligatoires

M1 scientifique validé, médecine, pharmacie, école vétérinaire ou écoles d'ingénieur

UE 41 Outils : communication, compréhension d'une publication, rédaction de projets

Attention Enseignement avec calendrier spécifique (Parcours M2 Cancérologie)

Responsable : Corine Bertolotto (Corine.BERTOLOTTO@univ-cotedazur.fr), Lauris Gastaud (lauris.gastaud@nice.unicancer.fr ) et Marius Ilie (ilie.m@chu-nice.fr)

Description du contenu de l’enseignement :

• Bibliographie et bibliométrie : Bibliométrie, moteurs de recherche et bases de données, savoir lire et décrypter une publication
• Projet bibliographique : Préparation News and Views
• Statistiques, bioinformatique : Plan statistique, calcul d’effectif, bioinformatique, analyse des données publiques
• Du projet scientifique à l’essai thérapeutique : Rédaction d’un projet de recherche scientifique, rédaction d’un PRTK/PHRC, principes des essais thérapeutiques
• Gestions de données : Intérêt des biobanques pour la recherche, création d’une base de données, loi RGPD, modélisation mathématique, intelligence artificielle, biologie des systèmes, évolution tumorale et anticipation.

L'enseignement se fera sous forme d’intervention, de travaux dirigés ou pratiques. L’étudiant sera amené à participer lors de ces enseignements, qui se veulent interactifs et constructifs. Pour le projet bibliographique, il devra préparer un argumentaire à charge et à décharge sur la base d’un article scientifique, suivi d’un débat avec les autres étudiants.

Compétences à acquérir

Au terme des enseignements de cette UE l’étudiant

- Aura acquis une meilleure connaissance des principes régissant la gestion de données, de la bibliographie, des biobanques, des notions sur la modélisation mathématique et l’intelligence artificielle,

- Aura développé ses compétences pour la communication, compréhension d’une publication et la rédaction de projets.

Modalités pédagogiques

En présence

Prérequis obligatoires

M1 scientifique validé, médecine, pharmacie, école vétérinaire ou écoles d'ingéni

UE 42 Insertion professionnelle

Attention Enseignement avec calendrier spécifique (Parcours M2 Cancérologie)

Responsable : Corine Bertolotto (Corine.BERTOLOTTO@univ-cotedazur.fr), Lauris Gastaud (lauris.gastaud@nice.unicancer.fr ) et Marius Ilie (ilie.m@chu-nice.fr)

Description du contenu de l’enseignement

• Formation en milieu académique : plateformes de cytométrie, imagerie….
• Formation en milieu clinique : participation à des réunions de concertation pluridisciplinaire, visite de services de radiothérapie, médecine nucléaire, Laboratoire de Biopathologie et Biobanque, laboratoire de génétique humaine
• Implication de l’industrie dans la recherche clinico-biologique en oncologie: présentations par des compagnies pharmaceutiques, Les pièges de cette relation
• Réussir son insertion professionnelle: Ecrire un curriculum vitae
• De la découverte scientifique à la création d’entreprise en biotechnologies: l’apport du chimiste, Du Master à la start-up.
• Le marché du médicament : AMM, prix, durée de traitements

Les enseignements se situent à l'interface entre la recherche fondamentale en cancérologie et l’oncologie clinique.

L'enseignement se fera sous forme d’intervention, de travaux dirigés et de stage en milieu professionnel. L’étudiant sera amené à participer lors de ces enseignements, qui se veulent interactifs et constructifs.

Compétences à acquérir

Au terme des enseignements de cette UE l’étudiant

- Aura acquis une meilleure connaissance du milieu clinico-biologique,

- Valoriser ses compétences dans le cadre d'une recherche d'emploi en oncologie

- Aura développer son niveau d’employabilité

- Aura acquis une connaissance de la valorisation des résultats de ses recherches et de la création d’entreprise

Modalités pédagogiques

En présence

Prérequis obligatoires

M1 scientifique validé, médecine, pharmacie, école vétérinaire ou écoles d'ingénieur

Enseignements optionnels en M2

2 UE au choix sur l'ensemble des UE du Master Sciences du Vivant
CONSULTER LA LISTE DES UE