Bioinformatics and Computational Biology

Bioinformatics and Computational Biology

Résumé

Ce parcours a pour objectif de former les étudiants venus d’horizons variés (biologistes, informaticiens, physiciens, mathématiciens) et attirés par la pluridisciplinarité à des approches quantitatives pour la biologie et la médecine du XXIème siècle. Read more

Objectifs

Initial training / Executive Education Program / Accessible for resumption of studies /
Master
Unknown label
EUR Sciences du Vivant et de la Santé / EUR Sciences du Vivant et de la Santé
Nice Campus Valrose
French

Details

Compétences visées

  • Analyse de données biologiques massives dans les domaines des omiques et de l’imagerie.
  • Programmation et développement d’algorithmes d’analyse de données ou de simulation.
  • Formulation de modèles mathématiques pour interpréter des mesures biologiques et fournir des prédictions.
  • Connaissances de techniques fondées sur le machine learning et l’intelligence artificielle (I.A.).

METIERS

  • Ingénieur d'étude
  • Développeur
  • Biostatisticien
  • Bioanalyste
  • Biomodélisateur

EUR D'APPARTENANCE

Introduction

Le parcours Bio-informatique et Biologie Computationnelle (BBC) a pour objectif de former les étudiants venus d’horizons variés (biologistes, informaticiens, physiciens, mathématiciens) et attirés par la pluridisciplinarité à des approches quantitatives pour la biologie et la médecine du XXIème siècle. 
Ce parcours est une évolution du parcours Biologie, Informatique et Mathématiques (BIM) dont le M1 débutera en septembre 2022. 
 

En septembre 2022, seul le M1 de cette formation ouvrira. Pour le niveau M2 postulez dans le parcours BIM.

 
L’accélération des biotechnologies produisant les données omiques à haut débit, l’enrichissement de grandes bases de données biomoléculaires, et le développement de techniques d’imagerie, révèlent constamment la grande complexité des processus biologiques. 
Le parcours Bio-informatique et Biologie Computationnelle a pour objectif de former les étudiants aux approches quantitatives en bio-informatique, analyse de données massives, physique et modélisation mathématique pour l’interprétation et la compréhension des processus biologiques.

La formation propose aux étudiants d'acquérir les connaissances et les compétences fondamentales en bio-informatique et/ou en biologie computationnelle permettant de devenir acteurs dans les domaines contemporains de la recherche en biologie. Les deux stages de longue durée offrent une expérience significative dans un environnement professionnel de recherche.

Le parcours se subdivise en deux voies principales, bio-informatique ou biologie computationnelle, dont les contenus permettent aux étudiants d’horizons variés de valoriser leurs compétences propres.
La combinaison de ces voies, du jeu d'options et des stages longs permet à chaque étudiant de personnaliser son profil de sortie autour du socle commun interdisciplinaire, aussi bien du point de vue des thématiques biologiques (génétique, écologie, neurosciences, médecine…) que de celui des méthodes de modélisation et d’analyse des données.

Pour appréhender la complexité des multiples fonctions cellulaires et moléculaires, et leurs rôles dans les processus physiologiques ou dans les maladies, l’acquisition de données massives ne suffit pas : il faut pouvoir les analyser et les interpréter au moyen de méthodes formelles, issues des mathématiques, de l’informatique et des approches de la physique.

C’est là l’enjeu du parcours Bio-informatique et Biologie Computationnelle (BBC) qui permet aux étudiants d’acquérir des compétences autour d’un socle commun (acquisition et traitement de données biologiques et omiques, imagerie), puis de se spécialiser dans l’une des deux voies : soit bio-informatique (analyse statistique, programmation, bases de données), soit biologie computationnelle (biologie systémique, biophysique, modélisation mathématique), afin de relever les défis actuels et futurs de recherche et développement dans ces domaines.

Le parcours Bio-informatique et Biologie Computationnelle se distingue par :

  1. Sa pluridisciplinarité : cette formation est offerte non seulement aux étudiants en biologie attirés par les approches quantitatives, mais aussi aux étudiants issus des sciences fondamentales (p.ex. mathématiques, physique, ingénierie) avec une formation complémentaire minimale en biologie.
  2. La réalisation de deux stages longs de 5 et 6 mois en M1 et en M2 permet aux étudiants de se familiariser avec les métiers de la recherche.
  3. Une formation d'excellence aux technologies omiques, à l'imagerie biologique et à la modélisation mathématique des processus biologiques.
  4. De nombreux ateliers pratiques encadrés par des ingénieurs et professionnels du secteur travaillant sur des plateformes de la région niçoise et qui sont au plus près des avancées scientifiques et technologiques dans les domaines concernés.

Partnership

Admission

Prerequisite

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Le parcours Bioinformatique et Biologie Computationnelle comporte un tronc commun et deux voies de spécialisation.
Par conséquent ce parcours s’adresse soit à des étudiants ayant une solide formation en biologie, avec des bases en mathématiques et en statistiques, pour la voie bio-informatique, soit à des étudiants détenant une Double Licence pluridisciplinaire Mathématiques-Sciences de la Vie ou une Licence en mathématiques, physique, ou issus d’écoles d’ingénieurs (p.ex. agro-véto, biotech), et possédant un bagage suffisant en biologie moléculaire, cellulaire et génétique, pour la voie biologie computationnelle.

Dans les deux cas, une première approche de la programmation par exemple au sein d'un cursus précédent à visée multidisciplinaire (comme le parcours bioinformatique de la L3 de l'Université Côte d'Azur) est un bonus indéniable. Le parcours est néanmoins ouvert aux néophytes en programmation ayant un fort attrait pour l'informatique, avec un programme adapté.

Conditions of applications

Le dossier de candidature doit être constitué des éléments suivants :

  • Un CV
  • Une lettre de motivation
  • Le relevé de notes du dernier diplôme (et d'éventuels cursus précédents d'intérêts)
  • Une lettre de recommandation est facultative mais acceptée pour les étudiants ne venant pas d'Université Côte d'Azur (pour ces derniers une lettre de recommandation est inutile)
Les candidatures en M1 et M2 sont à déposer en ligne, à partir du 10 avril jusqu'au 20 mai 2022 dernier délais, sur la plateforme e-candidat.

Program

En M1 comme en M2, les enseignements ont lieu à l'automne, le printemps étant consacré à un stage long en laboratoire ou sur une plate-forme.

En parallèle d’enseignements obligatoires, les étudiants affinent leur formation en fonction de leurs intérêts scientifiques. Ainsi en M1, les enseignements obligatoires se décomposent en 3 UE de tronc commun et, pour chaque voie, 2 UE à choisir sur une liste spécifique.

Les options portent selon la voie sur différentes thématiques biologiques, les statistiques, les bases de données, la biologie systémique ou les approches issues de la physique.

En M2, chaque voie a 3 UE obligatoires spécifiques ; les 2 UE en option peuvent être choisies sur l'ensemble des UE du Master Sciences du Vivant (dans la limite de compatibilité du calendrier des enseignements).

En plus de ces cours disciplinaires, les étudiants suivent des enseignements de communication scientifique (M1), d'anglais scientifique (M1 et M2) et doivent choisir une UE Outils chaque année, qui leur permet d’acquérir des compétences transversales, notamment en imagerie.

En M2, la voie biologie computationnelle du parcours BBC est ouverte à l’international, permettant à des étudiants non francophones, mais anglophones d’y participer.

Retrouvez ci-dessous le descriptif des UE obligatoires et optionnelles du parcours Bio-informatique et Biologie Computationnelle :
 
Master 1
Semestre 1
Semestre 2

Stage en Laboratoire de Recherche de 5 mois

Master 2 - parcours BIM
En septembre 2022, seul le M1 de cette formation ouvrira. Pour le niveau M2, postulez dans le parcours BIM.



 

Le parcours BBC comprend 2 stages longs effectués obligatoirement dans deux équipes de recherche distinctes. Les stages peuvent être effectués dans le périmètre local, national ou international.
Les stages à l'étranger doivent impérativement se dérouler dans le respect des dates de stage du Master et de la participation aux évaluations intermédiaires (qui peuvent se faire à distance).

Le stage de M1 dure 5 mois, de début février à fin juin, et 6 mois en M2, de début janvier à fin juin.

What's next ?

A l'issue du M2, les diplômés du parcours Bioinformatique et Biologie Computationnelle peuvent s'orienter vers un doctorat dans des laboratoires de la région, essentiellement, mais aussi ailleurs en France ou à l'étranger.

Les étudiants qui ont un laboratoire d'accueil pour effectuer une thèse dans la région peuvent postuler pour une allocation de recherche doctorale de l'Université Côte d'Azur attribuée par concours par les écoles doctorales : l'Ecole doctorale des Sciences de la Vie (ED85) et l'Ecole doctorale des Sciences et Technologie de l'Information et de la Communication (STIC), ou l’Ecole doctorale des Sciences Fondamentales et Appliquées (EDSFA).

Business sector or job

Les étudiants diplômés peuvent intégrer des projets de recherche ou de développement directement après le Master.
Ils peuvent postuler, dans des laboratoires publics, des centres hospitalo-universitaires, des plateformes technologiques, des centres R&D dans les entreprises de biotechnologie ou pharmacie, à des emplois de type:
  • Ingénieur d'étude
  • Développeur
  • Biostatisticien
  • Bioanalyste
  • Biomodélisateur