Appels à projets de Thèses Interdisciplinaires 2021 - CLOS : 

AAP PhD thesis LIFE-Académie4-3IA-SPECTRUM

En partenariat avec
- l'Académie d'Excellence 4 "Complexité et Diversité du Vivant"
- le 3IA Côte d'Azur - The Interdisciplinary Institute for Artificial Intelligence
- l'EUR SPECTRUM - Graduate School of Formal, Physical & Engineering Sciences,

l'EUR LIFE - Graduate School of Life & Health Sciences ouvre un appel à projets pour financer
3 thèses interdisciplinaires à l'interface Biologie et Maths, Physique, Chimie ou Intelligence Artificielle.

Les modalités de candidature sont décrites ci-dessous et téléchargeables ici :
AAP PhD thesis LIFE-Académie4-3IA-SPECTRUM

Les dossiers de candidature, en anglais, doivent être déposées auprès de :
Sofie.VANMAELE@univ-cotedazur.fr

Pour tout complément d'information, n'hésitez pas à contacter :
Sofie.VANMAELE@univ-cotedazur.fr ou carole.baron@univ-cotedazur.fr

 


CALL FOR DOCTORAL APPLICATIONS 2021
 

SCOPE OF THE CALL
The Graduate School of Life & Health Sciences opens a call for interdisciplinary PhD projects at the interface of Biology, and Mathematics, Physics, Chemistry or Artificial Intelligence.
The present call will fund three fellowships for 3-year PhD positions with the support of:
- The Interdisciplinary Institute for Artificial Intelligence - 3IA Côte d’Azur
- The Academy 4: Complexity and diversity of living systems
- The Graduate School SPECTRUM “Formal, Physical and Engineering Sciences” & the Academy 4



GUIDELINES
ARTICLE 1 – ELIGIBILITY REQUIREMENTS
The project must imperatively be based on an established collaboration between a team belonging to one of the labs affiliated to the LIFE Graduate School (C3M, ECOSEAS, IBV, IPMC, IRCAN, ISA, LP2M, TIRO-MATOS, UR2CA) and a team from one of the laboratories in secondary affiliation with LIFE (Centre INRIA Sophia Antipolis-Méditerranée, I3S, LJAD, INPHYNI, ICN).

The main supervisor must be Habilitated to Direct Research (HDR) or equivalent.

ARTICLE 2 – EVALUATION CRITERIA
➢ Scientific quality and feasibility of the interdisciplinary project
➢ Quality of the supervisor and the main collaborator from the other discipline
➢ Excellence of the candidate according to the Health and Life Science criteria (in particular their ranking/distinction obtained in Master).

ARTICLE 3 – DOCUMENTS TO BE PROVIDED

The application must be written in English.

For the research project:
➢ Short scientific presentation of the project is expected (max 1-page recto-verso), that must state the scientific impact, originality, feasibility of the project and the relevance of the interdisciplinary consortium.
Details regarding its supervision management from both disciplines should also be mentioned.
➢ A Letter of support from the head of the laboratory or team hosting the candidate.

For the candidate:
➢ CV of the candidate
➢ 1 recommendation letter of previous supervisor/tutors
➢ Master transcript including detailed marks (if the Master is not finished yet, a transcript of the grades obtained so far and a letter of the professor in charge of the Master stating at the very least that he/she is confident in the fact that the student will obtain his/her degree)
➢ Motivation letter

For the supervisor and the main collaborator from the other discipline:
➢ Brief CVs, including 5 recent publications over the past 3 years

ALL THESE DOCUMENTS HAVE TO BE CONCATENATED IN A SINGLE PDF FILE IN THE FOLLOWING FORMAT: LAST NAME of the candidate_LAST NAME of the supervisor.pdf
INCOMPLETE APPLICATIONS WILL NOT BE CONSIDERED.

ARTICLE 4 – SELECTION COMMITTEE
Applications will be examined by a Scientific Committee made up of 50% of members from the Conseil de l’Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (ED85)/LIFE Graduate School and 50% of experts recommended by 3IA, SPECTRUM Graduate School and Academy 4.

ARTICLE 5 – IMPORTANT DATES
➢ April 7, 2021 : Launch of the call
➢ May 17, 2021 : Deadline for the submission of applications*
➢ May 31, 2021 : Notification of preselected candidates
➢ June 14, 2021 : Interviews (by videoconference if necessary) of preselected candidates
➢ June 25, 2021: Publication of final ranking
*The application to this call does not exclude applications to other PhD fellowships

Applications must be sent to the LIFE Graduate School Project Manager: Sofie.VANMAELE@univ-cotedazur.fr

AAP PhD thesis HEALTHY-Académie4 - CLOS

Appel à Projets : Co-financement de Thèse Santé - Académie 4 « Complexité et diversité du vivant » et EUR HEALTHY - Année 2021


L’Ecole Universitaire de Recherche HEALTHY-Ecosystèmes des sciences de la santé souhaite promouvoir le développement de projets de recherche innovants entrant dans son périmètre thématique

L’Académie d‘Excellence 4 « Complexité et diversité du vivant » a pour objectif de soutenir la dynamique de la recherche à l'Université Côte d'Azur en finançant des projets en Sciences du Vivant.

L’Académie 4 et l’EUR HEALTHY cofinanceront en 2021 une thèse interdisciplinaire dans le domaine de la santé.
 

Le présent appel à projet vise à sélectionner un candidat dont le sujet de thèse se situera dans le champ de la Prévention, de la Médecine ou de l’Odontologie.


Les modalités de candidature sont décrites ci-dessous et téléchargeables ici :
AAP PhD thesis HEALTHY-Académie4

Éligibilité et règles de fonctionnement
Le porteur de projet doit être membre d’un laboratoire en rattachement principal ou secondaire à l’EUR HEALTHY.
Le dossier devra être signé par le directeur/la directrice du laboratoire de rattachement, avec avis motivé.
La personne porteuse du projet s’engagera à :
- faire apparaître la mention et/ou les logos de l’EUR HEALTHY et de l’Académie 4 sur tous les supports de communication
- tenir informée l’EUR HEALTHY de l’état d’avancement du projet et ce à minima deux fois par  an. Cela pourra se faire par simples échanges de mail

Critères d’évaluation
Les sujets seront évalués selon les critères ci-dessous :
Démonstration de l’aspect innovant – émergeant – interdisciplinaire
Excellence du candidat doctorant (expérience, parcours académique, publications)
Les sujets de thèse devront s’inscrire à la fois dans les axes de l’Académie 4 et dans ceux de l’EUR HEALTHY rappelés en introduction.
Seront privilégiés les sujets innovants et transdisciplinaires, garantissant une pérennité du sujet avec l’orientation décrite en introduction.

Candidature
Les dossiers devront être rédigés en anglais et constitués des pièces suivantes :
1- Formulaire de réponse à l’appel à projet (en téléchargement sur NUXEO)
2- CV du candidat
3- Notes M1 et M2 du candidat
4- Lettre de motivation du candidat
5- Lettre du/des directeur(s) de thèse expliquant l’interdisciplinarité du sujet
6- Lettres de recommandation
7- Attestation du/des directeur(s) de thèse garantissant que l’environnement de la thèse sera financièrement assuré.

Calendrier
Les candidatures (fichier au format PDF) devront être déposées sur la plateforme NUXEO avant le 30 Mai 2021 à midi (12:00).
Les dossiers seront ensuite évalués par une commission ad hoc de l’EUR HEALTHY et de l’Académie 4 qui sélectionnera les dossiers en vue d’une audition des candidats mi-juin 2021.

Pour toutes questions relatives à cet appel, merci de contacter
Valérie HIZEBRY coordinatrice des projets (valerie.hizebry@univ-cotedazur.fr),
Inès GALTIER D’AURIAC, cheffe de projet (ines.dauriac@univ-cotedazur.fr)
et Carole BARON, chargée de mission (carole.baron@univ-cotedazur.fr).

*lien vers la plateforme NUXEO: https://nuxeo.univ-cotedazur.fr/nuxeo/nxdoc/default/6db3b22c-d6f0-4e4e-9880-a5b932d65e21/view_documents


 

Thèses en cours:

Julie TE, ICN

Adele RIVAULT, IPMC

Julien MERCIER, LAHMESS & iBV

Saisissez ici le contenu ici


 

Thèses passées:

Salome SOULE, INRAE


Projet :  "Development of new resistances to root-knot nematodes - characterization of parasitism effector targets in tomatoes"
Disciplines : plant biology, interaction plant-pathogen, molecular biology
Directeur de thèse : Bruno FAVERY

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet PepLink, tuteur :  H KELLER.
Brenda QUERON, iBV


Projet :
Disciplines : Ecole Doctorale Sciences de la Vie
Directeur de thèse : Thierry VIROLLE

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2018-2019, projet GIFTED, tutrice : T VIROLLE.
Lauriane BLOT, C3M


Projet : "Exploration des fonctions nucléaires de la protéine FMRP impliquée dans le syndrome de l'X fragile" depuis Octobre 2019 (MRT)
Disciplines : Interactions moléculaires et cellulaires - Ecole Doctorale Sciences de la Vie
Directrice de thèse : Meri TULIC

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2017-2018, projet DEMOTECH, tuteur : Guillaume ROBERT.
Melody SUBRA, IPMC

Thèse Interdisciplinaire financée par l'Académie 4, période 2019-2022.


Projet : "Architecture fonctionnelle et dynamique des sites de contact membranaire impliquant OSBP", depuis Oct 2019. 
Disciplines : Biologie, Physique
Directeur de thèse : Bruno ANTONNY  
Co-encadrant : Bruno MESMIN 

Bastien LAVILLE, I3S


Projet : 
Discipline : Informatique
Directeur de thèse : 
Co-encadrant : 

Ancien étudiant en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet Super-Dynamic-Fun, tutrice : L BLANC-FERAUD.
Louis BOISMORAND, Université de Montpellier


Projet : "Mécanismes des Interactions parasitaires pathogènes et symbiotiques : Comment la température et la nutrition contrôlent-elles la susceptibilité des huîtres au syndrome de mortalité des huîtres du pacifique?" , depuis Oct 2020
Disciplines : Sciences de la Mer, Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Interactions Hôtes-Pathogènes
Directeur de thèse : Guillaume MITTA
Co-encadrant : Jeremie VIDAL-DUPIOL

Ancien étudiant en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet CAVOBIOME, tuteur : C SABOURAULT.
Philippe MARTINAUX, ICN


Projet : 
Disciplines : Chimie
Directeur de thèse : 
Co-encadrant : 

Ancien étudiant en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet NeurObMCHR2, tutrice : V MICHELET.
Marie-Charlotte GALEA, ICN


Projet :
Discipline : Chimie
Directeur de thèse : 
Co-encadrant : 

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet CAVOBIOME, tuteur : M MEHIRI.
Yelizaveta DENYSIEVA, ICN

Projet :  Disciplines : Chimie, Fragrance & Chimie Fine Directeur de thèse :  Co-encadrant : 


Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet PepLink, tutrice : N PATINO.
Paula FERREIRA-MONTENEGRO, ICN


Projet : "Chemistry of Natural Marine Substances: Isolation, Structural Determination, Synthesis and Valorization", depuis Oct 2020
Disciplines : Chimie, Fragrances & Chimie Fine
Directeur de thèse : Mohamed MEHIRI

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet PatchedChemoBiology, tuteur : S AZOULAY.
Thibault LACHARME, Université de POITIERS


Projet : "Reconstruction et visualisation d'environnements 3D réalistes contrôlés par des modèles perceptuels à partir de contenus RGB-D360", depuis le 16 sept 2020
Disciplines : Informatique et applications, École doctorale Sciences et Ingénierie des Systèmes, Mathématiques, Informatique (Limoges)
Directeurs de thèse : Daniel Meneveaux et de Mohamed-Chaker Larabi

Ancien étudiant en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet SENSAAS, tuteur : F PAYAN.
Xuchun ZHANG, I3S


Projet :
Disciplines : Informatique Equipe SPARKS MAASAI
Directeurs de thèse : 

Ancien étudiant en stage de Master sur un financement Inter-Académies 3 et 4, période 2018-2019, projet MetaRisk, tuteur : T POURCHER .
Clara SANCHEZ, IPMC

Thèse Interdisciplinaire financée par l'Académie 1 et l'EUR LIFE, période 2019-2022 + MONITORAT.


Projet : "Impact of lipid nature on the establishment of a diet-induced obesity and associated neuroinflammation", depuis Oct 2019.
Disciplines : Interactions Moléculaires et Cellulaires
Directeur de thèse : Carole ROVERE

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2018-2019, projet NutriMorph, tutrice : C ROVERE.
Maud POUSSE, ICN


Projet : 
Disciplines : Chimie
Directeur de thèse : 

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2019-2020, projet MCSPegylation, tuteur : A BURGER.
Manon PENCO-CAMPILLO, IRCAN


Projet :
Disciplines : Ecole Doctorale Sciences de la Vie
Directeur de thèse : Sonia MARTIAL

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2018-2019, projet CAID, tutrice : S MARTIA
Marin TRUCHI, IPMC


Projet :"Etude des mécanismes de régénération endothéliale dans un modèle de fibrose pulmonaire à l'échelle de la cellule unique" depuis Sept 2019 (ANR)
Disciplines : Ecole Doctorale Sciences de la Vie - Bio-Informatique
Directeur de thèse : Bernard MARI

Ancien étudiant en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2017-2018, projet NMLA-scRNASEQ, tutrice : A PAQUET.
Ingénieur BioInformatique IPMC depuis Juillet 2023.
 
Alissa MAJOOR, C3M


Projet :
Disciplines : Ecole Doctorale Sciences de la Vie
Directeurs de thèse : Laurent BOYER & Gregory MICHEL

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2017-2018, projet COMICS, tuteur : L BOYER.
Felicie KIEFFER, IPMC


Projet : "Exploration des fonctions nucléaires de la protéine FMRP impliquée dans le syndrome de l'X fragile" depuis Octobre 2019 (FRM+Monitorat)
Disciplines : Interactions moléculaires et cellulaires - Ecole Doctorale Sciences de la Vie
Directrice de thèse : Carole GWIZDEK

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2017-2018, projet FMRP-SUMO-ABS, tutrice : C GWIZDEK.
Nicola RIGOLLI, INPHYNI Université Côte d'Azur & Université de Gènes ITALIE


Projet :“Navigation by hunting octopuses: how to make decisions using a broken signal”, depuis Nov 2018
Disciplines : Sciences Physiques
Directreurs de thèse : Nicodemo Magnoli (Genova) and Agnese Seminara (Université Côte d'Azur)

Ancienne étudiante en stage environné de Master en binôme interdisciplinaire financé par l'Académie 4, période 2017-2018, projet m-Trans, tutrice : A SEMINARA.
Alice ROUAN, IRCAN


-"Étude des variations de la taille des télomères chez le corail Stylophora pistillata et dans les populations sauvages des genres Pocillop ora sp., Porites sp., et Millepora sp. récoltés sur 32 systèmes insulaires de l’Océan Pacifique au cours de l’expédition TARA-Pacifique" par Alice ROUAN sous la direction d'Eric GILSON (IRCAN). Université Côte d'Azur ED Sciences de la vie et de la santé, soutenue le 20-12-2020.
Résumé : La linéarité des chromosomes eucaryotes implique la présence d’une chromatine à la structure particulière, appelée télomère, pour contrôler la stabilité du génome et conserver sa fonction. Des changements dans la structure des télomères peuvent déterminer la longévité, la résistance au stress et la susceptibilité de développer certaines pathologies. Notre compréhension sur la contribution des facteurs environnementaux sur la longueur des télomères n’en est qu’à ses balbutiements, tout comme notre connaissance de la diversité des mécanismes de régulation de la taille des télomères dans l’arbre de la vie. Les coraux constructeurs de récifs sont à cet égard des modèles de choix, leurs conditions de vie fixée les empêchant de fuir des conditions défavorables et leur endosymbiose obligatoire avec une micro-algue photosynthétique les exposant à un stress oxydant quotidien. Leurs télomères ne sont pourtant que peu étudiés. Dans ce travail de thèse, j’ai combiné une large étude de terrain sur 3 genres de coraux (deux scléractiniaires, Pocillopora sp. et Porites sp., et un hydrozoaire Millepora sp.) et une étude en conditions contrôlées sur l’espèce modèle Stylophora pistillata dans le but de comprendre le lien entre la variation de la taille des télomères et l'environnement. J’ai observé que la taille des télomères des coraux ne diminuait pas avec l’âge, ni avec la taille des colonies, mais qu’une rupture de la symbiose induite à l’obscurité pouvait induire un raccourcissement des télomères. J’ai aussi montré que des espèces avec des stratégies évolutives différentes avaient des régulations de leurs tailles de télomères différentes, le genre Pocillopora sp. étant contraint à la fois par la génétique et l'environnement tandis que le genre Porites sp. démontrant un incroyable maintien de la taille des télomères en dépit des variations génétiques ou des catégories d'environnements. Cependant, malgré leurs différentes stratégies, la taille des télomères des deux genres étaient négativement corrélées aux variations environnementales, mettant à jour ce paramètre comme crucial et potentiellement perturbateur des mécanismes de maintien de la taille des télomères.
Mots clés : Télomères, Coraux, Stress, Environnement, Changement climatique.
Reliée au Projet CATER_SVS2020 de l'Académie 4 - Alice ROUAN.

Cécilia COLSON, iBV


- "Effets des métabolites d’acides gras sur la formation et la fonction des adipocytes thermogéniques" par  Cécilia COLSON sous la direction de Ez-Zoubir Amri - Université Côte d'Azur ED Sciences de la vie et de la santé, soutenue le 24-11-2020.
Résumé : http://www.theses.fr/2020COAZ6038.
Reliée au Projet CATER_SVS2020 de l'Académie 4 - Cécilia COLSON.
 

Camille SYSKA, INRAE


- "Systèmes Toxine-Antitoxine VapBC : des régulateurs de la symbiose fixatrice d'azote rhizobium-légumineuse" par Camille SYSKA sous la direction de Geneviève Alloing et Laurence Dupont. - Université Côte d'Azur ED Sciences de la vie et de la santé, soutenue le 18-11-2020;
Résumé : https://www6.paca.inrae.fr/institut-sophia-agrobiotech/Enseignement-Formation/Doctorat-These/Theses-soutenues/Soutenance-de-these-Camille-SYSKA
Reliée au Projet CATER_SVS2020 de l'Académie 4 - Camille SYSKA.
 

Marine GAUTIER-ISOLA, IPMC


-"Caractérisation fonctionnelle de longs ARNs non codants induits par l’hypoxie et impliqués dans l’agressivité des cancers pulmonaires non à petites cellules" par Marine GAUTIER-ISOLA sous la direction de Roger Rezzonico - Université Côte d'Azur ED Sciences de la vie et de la santé, soutenue le 13-11-2020;
Résumé : http://www.theses.fr/2020COAZ6026
Reliée au Projet CATER_SVS2020 de l'Académie 4 - Marine GAUTIER-ISOLA.
 

Joffrey MEJIAS, INRAE


-"Analyse fonctionnelle de cibles végétales d’effecteurs du parasitisme du nématode Meloidogyne incognita impliquées dans l’ontogénèse des cellules géantes" par Joffrey MEJIAS sous la direction de Pierre Abad et de Michaël Quentin. - Université Côte d'Azur ED Biologie des interactions et écologie, soutenue le 24-09-2020;
Résumé : http://www.theses.fr/2020COAZ6018
Reliée au Projet CATER_SVS2020 de l'Académie 4 - Joffrey MEJIAS.
 

Christopher ROVERA, C3M


- "Étude des propriétés contractiles des fibroblastes du ganglion lymphatique au cours de la mise en place de la niche pré-métastatique du mélanome" par Christopher ROVERA sous la direction de Sophie Tartare-Deckert et de Virginie Prod'homme. - Université Côte d'Azur ED Sciences de la vie et de la santé, soutenue le 14-09-2020;
Résumé : http://www.theses.fr/2020COAZ6013
Reliée au Projet CATER_SVS2020 de l'Académie 4 - Christopher ROVERA.