Analyse bio-informatique des données omiques : approches de programmation sous R

Analyse bio-informatique des données omiques : approches de programmation sous R

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Résumé

Cette formation a pour but de se perfectionner aux problématiques bio-informatiques liées à l’émergence des nouvelles biotechnologies et à l’exploitation de logiciels de commande en ligne de pointes actuelles dans le domaine du séquençage à haut débit. En savoir plus

Objectifs

EUR Sciences du Vivant et de la Santé
Nice Campus Valrose

Détails

Compétences visées

  • Connaître les principes de base de l’algorithmique et de la programmation en langage R
  • Mettre en oeuvre des outils bio-informatiques et des banques de données pour l’analyse des données biologiques issues du séquençage à haut-débit
  • Développer et utiliser les applications appropriées pour répondre aux problématiques posées par le traitement des données biologiques

Capacité d'accueil

7 à 10 personnes

Dates de la formation

Du 19/02/2024 au 23/02/2024 (35h de formation) + Présentation des comptes-rendus de résultats et forum d’échanges sur les pratiques et problématiques rencontrées sur le terrain

Accéder aux sections de la fiche

Présentation

Les + de la formation Analyse bio-informatique des données omiques : approches de programmation sous R  :
  • Formation sur mesure
  • Formation proposée par des experts en bio-informatique (chercheurs en biologie avec une expérience d’enseignement au sein d’UniCA)
  • Pratique sur ordinateur (fourni)
  • Possibilité de travail sur ses propres jeux de données
  • Accompagnement personnalisé pré et post-formation
  • Création d’un réseau d’entraide entre pairs grâce au forum d’entraide ouvert dès le début de la formation et moments conviviaux : déjeuners inclus

Petit Valrose,
Avenue Joseph Vallot,
06100 Nice

Admission

Pré-requis

Aucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais
des notions de ces environnements sont recommandées

Chercheurs, enseignants-chercheurs, post-doctorants, ingénieurs, doctorants, chefs de projet, professionnels de santé.

Modalités de candidature

Dossier d'inscription à demander par courrier électronique à :
formation-courte@univ-cotedazur.fr - 04.89.15.22.09

Plus d'informations sur la formation : bio-info.avance@univ-cotedazur.fr

Joindre à ce dossier : CV et lettre de motivation. 
 

Programme

La formation se déroule sur 35 heures
  • Forum de découverte des besoins et autres échanges
     
  • Jour 1 :
    - Présentation de la formation/ des formateurs/ des participants
    - Introduction à la programmation par ligne de commande (bash)
    - Introduction à la programmation en langage de programmation R
     
  • Jour 2 :
    - Résumé des compétences acquises en programmation en langage R
    - Table ronde
    - Introduction aux technologies «OMICS»
    - Prétraitement et cartographie des données NGS (short reads)
     
  • Jour 3 :
    - Prétraitement et cartographie des données NGS (long reads)
    - Analyse des données DNAseq pour la génomique évolutive
     
  • Jour 4 :
    - Génomique des populations avec des méthodes basées sur les graphes
    - Associations génotype-phénotype et identification et annotation de variantes
    - Table ronde
     
  • Jour 5 :
    - Analyse des données transcriptomiques avec R et analyse fonctionnelle en R
    - Table ronde
     
  • Forum proposé en post formation ouvert  + présentation des comptes rendus

Responsables de la formation :
- Silvia Bottini, directrice opérationnelle du Medical Data Laboratory
- Lorenzo Tattini, chercheur au sein de l’IRCAN
- Matteo De Chiara, bioinformaticien à l’IRCAN

Intervenants :
- Silvia Bottini, directrice opérationnelle du Medical Data Laboratory
- Lorenzo Tattini, chercheur au sein de l’IRCAN
- Matteo De Chiara, bioinformaticien à l’IRCAN

Formation non certifiante. Suivi de la progression tout au long des activités
de pratique.

Et après ?

Activités visées / compétences attestées

  • Connaître les principes de base de l’algorithmique et de la programmation en langage R
  • Mettre en oeuvre des outils bio-informatiques et des banques de données pour l’analyse des données biologiques issues du séquençage à haut-débit
  • Développer et utiliser les applications appropriées pour répondre aux problématiques posées par le traitement des données biologiques

Inscriptions

  • Tarif académique : 500€/personne (Prise en charge tutelle)
  • Tarif entreprise : 1950€/ personne (prise en charge OPCO possible)

 

Inscription

Date limite d'inscription :  Lundi 5 février 2024 (minuit)