Analyse bio-informatique des données omiques : approches web-based

Analyse bio-informatique des données omiques : approches web-based

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Résumé

Cette formation a pour but d’acquérir de nouvelles connaissances pratiques en bio-informatique afin d'analyser des données biologiques, grâce à l'utilisation de sites internet (cbioportal, CCLE) ou de logiciels (phantasus, GSEA...) de pointes actuelles. En savoir plus

Objectifs

EUR Sciences du Vivant et de la Santé
Nice Campus Valrose

Détails

Compétences visées

  •  Instaurer une autonomie dans la collecte de données et d’interrogation à large spectre (transcriptomique, protéomique) à l’aide de sites internet validés et préalablement exploités dans de nombreuses ressources scientifiques
  • Etablir la construction de réseaux pour apporter des informations supplémentaires à l’aide de logiciels ou de sites internet dédiés à ce sujet
  • Visualiser l’ensemble de ces réseaux afin d’en déterminer des modules fonctionnels et cellulaires

Capacité d'accueil

8 à 12 personnes

Dates de la formation

Du 14/02/24 au 16/02/24 (18h de formation) + forum d’échanges sur les pratiques et problématiques rencontrées sur le terrain






 

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Présentation

Les + de la formation Analyse bio-informatique des données omiques : approches web-based :

  1. Formation sur mesure
  2. Formation proposée par des experts en bio-informatique (chercheurs en biologie avec une expérience d’enseignement au sein d’UniCA)
  3. Pratique sur ordinateur (fourni)
  4. Possibilité de travail sur ses propres jeux de données
  5. Accompagnement personnalisé pré et post-formation
  6. Création d’un réseau d’entraide entre pairs grâce au forum d’entraide ouvert dès le début de la formation et moments conviviaux : déjeuners inclus

Petit Valrose,
Avenue Joseph Vallot,
06100 Nice

Admission

Pré-requis

Connaissances élémentaires en informatique

.Chercheurs, enseignants-chercheurs, post-doctorants, ingénieurs, doctorants, chefs de projet, professionnels de santé.

Modalités de candidature

Dossier d'inscription à demander par courrier électronique à :
formation-courte@univ-cotedazur.fr - 04.89.15.22.09

Plus d'informations sur la formation : mickael.ohanna@univ-cotedazur.fr

Joindre à ce dossier : CV et lettre de motivation. 

 


 

Programme

La formation se déroule sur 18h :
  • Forum de découverte des besoins et autres échanges
     
  • Jour 1 :
    - Introduction aux bases web bio-informatiques (text/data mining)
    - Exploitation et Pratique des Bases web (gènes/ARN/protéines)
     
  • Jour 2 :
    - Exploitation et pratique des Bases web (gènes/ARN/protéines)
    - Outils pour identifier des signatures génétiques fonctionnelles et visualisation de réseaux (GSEA, Enrichissement web bases, Heatmap, Cytoscape)
     
  • Jour 3 :
    - Exploitation et pratique des bases web en oncologie (TGCA, cbioportal, CellMiner, Timer)
    - Retour final
     
  • Forum d’échanges sur les pratiques et problématiques rencontrées sur le terrain

Responsable de la formation :
- Mickaël Ohanna, chargé de recherche à l’INSERM

Intervenants :
- Dr Carole Gwizdek, chargée de recherche à l’IPMC
- Dr Mickaël Ohanna, chargé de recherche à l’INSERM
- Dr Patrick Brest, chercheur à l’INSERM

Formation non certifiante. Suivi de la progression tout au long des activités
de pratique.

Et après ?

Activités visées / compétences attestées

Les compétences visées à l'issue de la formation sont : 
  • Instaurer une autonomie dans la collecte de données et d’interrogation à large spectre (transcriptomique, protéomique) à l’aide de sites internet (GEO, NCBI, TGCA, CCLE, OPID, STRING, MINT,InTAct) validés et préalablement exploités dans de nombreuses ressources scientifiques
  • Etablir la construction de réseaux pour apporter des informations supplémentaires à l’aide de logiciels ou de sites internet dédiés à ce sujet (Gene Ontology, PANTHER, DAVID, SGEA, Enrich, metascape, cytoscape)
  • Visualiser l’ensemble de ces réseaux afin d’en déterminer des modules fonctionnels et cellulaires

Inscriptions

  • Tarif académique : 300€/personne (Prise en charge tutelle)
  • Tarif entreprise : 1550€/ personne (prise en charge OPCO possible)

Inscription

Date limite d'inscription : Mercredi 31 janvier 2024 (minuit)