Le programme UCAJEDI a mis en place cinq Académies d'Excellence, dont l'Académie "Systèmes Complexes". L'objectif de ce programme est de soutenir une recherche de rang mondial à Université Côte d'Azur. Pour développer et encourager des projets de qualité et interdisciplinaires, l'Académie se structure autour d'un Responsable et de deux instances : le Comité de Pilotage et le Conseil Scientifique. De plus, pas moins de 15 laboratoires de recherche et 7 partenaires sont regroupés au sein de son périmètre.
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