Rentrée 2024 de l'Académie 4

La Rentrée de l'Académie 4 s'est tenue le lundi 14 octobre 2024 à 9h30 en salle de conférence de l'IPMC à Sophia Antipolis.

Merci aux porteurs de projets et aux participants pour leur présence à cet évènement.

Photos ici.

Au Programme :


9h30  Accueil des participants

PROGRAMME DETAILLE
Projet 2024_1.1 : OSCILLA12 - Analyse expérimentale et modélisation mathématique des oscillations biologiques de 12 heures
Franck Delaunay / iBV & Madalena Chaves / INRIA
Mots clés : Boucles de rétroaction, oscillateurs, réseaux, rythmes ultradiens, XBP1

Projet 2024_1.5 : MARIN-KCNQ1 - Identification d’outils pharmacologiques innovants issus d’organismes marins pour moduler l’activité du canal potassique KCNQ1
Raphael Rapetti-Mauss / iBV & Mohamed Mehiri / ICN
Mots clés : Produits Naturels Marins, KCNQ1, Pharmacologie

Projet 2024_1.6 : PatchedMecaTarget - Identification of the interaction site of Patched efflux inhibitors and mechanistic study
Eden GUEDU / ICN
Mots clés : Chemistry, pharmacology, cellular biology, drug efflux pump inhibitor, chemotherapy resistance

Projet 2024_1.7 : REGENER - Large-scale identification of new players involved in axonal regeneration and robust morphometric quantification of axonal trees
Grégoire Malandain / iNRIA
Mots clés : axonal regeneration, genetic screen, confocal microscopy, axonal trees, detection algorithm, robust quantification

Projet 2024_1.8 : CHIRALIVE - Regulation of stress-induced chirality changes in a living organism
Agnes BANRETI / iBV
Partenaire : Cornelia Meinert / ICN
Mots clés : homochiral, heterochiral, D-amino acids, chirality regulating genes, enantiomer separation, enantioselective gas chromatography


11h10 - Présentation du projet de la nouvelle équipe de Louis-Félix NOTHIAS (ICN) :
"METABIOMICS - An experimental and computational single-cell integrative omics approach for accessing the specialized metabolites produced by the microbiome" (20min)

Résumé - Abstract

En Français

METABIOMICS : Une nouvelle approche pour explorer les interactions moléculaires dans les holobiontes

Les technologies omiques ont transformé notre compréhension des organismes vivants, notamment en révélant que la plupart hébergent des microbiomes, des communautés de microorganismes co-évoluant avec eux et d’une diversité prodigieuse. Ce partenariat entre un hôte et son microbiome forme un holobionte, une entité biologique complexe où le microbiome contribue à des fonctions essentielles, comme l’immunité et la régulation métabolique, et peut même influencer l’apparition de maladies. Comprendre ces interactions holobiontiques pourrait ouvrir des perspectives nouvelles dans des domaines tels que la santé, l’agriculture ou encore la restauration écologique. Cependant, isoler et étudier ces microorganismes reste un défi, car les méthodes actuelles sont coûteuses et offrent une couverture limitée. De plus, certains métabolites microbiens échappent toujours aux techniques de métabolomique actuelles.

Le projet METABIOMICS, soutenu par l'Académie "Complexité et Diversité du Vivant", propose une approche multi-technologique et interdisciplinaire novatrice appelée HEPICS. Cette méthodologie associe des technologies avancées de distribution de cellules uniques, de séquençage et de métabolomique avancée pour générer automatiquement des bibliothèques microbiennes et améliorer la détection des métabolites produits. En intégrant les données génomiques, HEPICS optimisera l’identification des molécules d’intérêt. Le projet sera testé sur des échantillons de complexité croissante et pourrait permettre l’identification de métabolites bioactifs au sein de communautés microbiennes.

In English

METABIOMICS: A new approach to explore molecular interactions in holobionts

Omics technologies have transformed our understanding of living organisms, notably revealing that most of them host microbiomes, communities of microorganisms co-evolving with them and displaying a remarkable diversity. This partnership between a host and its microbiome forms a holobiont, a complex biological entity where the microbiome contributes to essential functions such as immunity and metabolic regulation and can even influence the onset of diseases. Understanding these holobiont interactions could unlock new opportunities in fields like health, agriculture, and ecosystem restoration. However, isolating and studying these microorganisms remains a challenge, as current methods are costly and provide limited coverage. Additionally, some microbial metabolites still escape detection using current metabolomics techniques.

The METABIOMICS project, supported by the "Complexity and Diversity of Life" Academy, proposes an innovative multi-technological and interdisciplinary approach called HEPICS. This methodology combines advanced technologies for single-cell dispensing, sequencing, and metabolomics to automatically generate microbial libraries and to improve the detection of produced metabolites. By integrating genomic data, HEPICS will optimize the identification of molecules of interest. The project will be tested on samples of increasing complexity and could enable the identification of bioactive metabolites within microbial communities.
 

Short Bio

FR

Louis-Félix NOTHIAS, lauréat d’une « chaire de professeur junior » CNRS à l’Université Côte d’Azur en 2023, rejoint la communauté des chercheurs de l’Académie d’Excellence "Complexité et Diversité du Vivant", à l’Institut de Chimie de NICE au Campus VALROSE.

Louis-Félix NOTHIAS a réalisé sa thèse de doctorat en codirection à l’Université de Corse et à l’Institut de Chimie des Substances Naturelles du CNRS à Gif-sur-Yvette. Ses travaux ont permis la découverte de nouvelles molécules antivirales isolées du genre Euphorbia de Corse, ouvrant ainsi la voie à l’exploration des applications des métabolites dans le domaine de la santé.

Après son doctorat, il a effectué un post-doctorat de six ans à l’Université de Californie à San Diego, dans le laboratoire du Pr Pieter DORRESTEIN, pionnier de la métabolomique par spectrométrie de masse. C'est là qu'il a acquis une expertise approfondie en métabolomique, chimio-bio-informatique et intégration multi-omique, tout en collaborant avec des chercheurs issus de diverses disciplines. Ses travaux postdoctoraux ont notamment conduit au développement d’outils informatiques avancés pour l’analyse des métabolites, ces petites molécules essentielles aux processus biologiques des organismes vivants. Puis, pendant deux ans, il a été chercheur associé avec le Pr Jean-Luc WOLFENDER à l’Université de Genève, où il a contribué à l’étude d’une collection de plus de 14 000 extraits de plantes grâce à la métabolomique.

En 2023, Louis-Félix NOTHIAS a pris un nouveau tournant en devenant titulaire d’une chaire de professeur junior avec le CNRS à l’Université Côte d’Azur et affilié à l’Institut Interdisciplinaire d’Intelligence Artificielle (3iA) de la Côte d’Azur. Ses recherches à l’Institut de Chimie de Nice sont dédiées à la métabolomique expérimentale et computationnelle, avec pour objectif d'améliorer la détection des métabolites produits par le microbiome. Ce dernier joue un rôle essentiel dans la régulation des fonctions biologiques, telles que l’immunité et le métabolisme, et peut influencer l’apparition de maladies chez les plantes, les animaux et les humains. Comprendre ces interactions pourrait avoir des répercussions majeures dans des domaines variés comme la santé, l’agriculture ou la restauration écologique.


 

EN

Louis-Félix NOTHIAS, recipient of a "Junior Professor Chair" at CNRS at Université Côte d'Azur in 2023, joined the research community of the "Complexity and Diversity of Life" Academy at the Institute of Chemistry of NICE on the Valrose Campus.
Louis-Félix Nothias completed his PhD under joint supervision at the University of CORSICA and the CNRS Institute of Natural Product Chemistry in GIF-SUR-YVETTE. His research led to the discovery of new antiviral molecules isolated from the Euphorbia genus in Corsica, opening the way to exploring the applications of metabolites in the health field.

After his PhD, he completed a six-year postdoc at the University of California, San Diego, in the lab of Prof. Pieter DORRESTEIN, a pioneer in metabolomics by mass spectrometry. There, he gained deep expertise in metabolomics, chemo-bio-informatics, and multi-omics integration, while collaborating with researchers from various disciplines. His postdoctoral work notably led to the development of advanced computational tools for the analysis of metabolites, which are small molecules essential to biological processes in living organisms. He then spent two years as an associate researcher with Prof. Jean-Luc WOLFENDER at the University of GENEVA, where he contributed to the study of a collection of over 14,000 plant extracts through metabolomics.

In 2023, Louis-Félix NOTHIAS took a new step by becoming the holder of a Junior Professor Chair at CNRS at Université Côte d'Azur and affiliated with the Interdisciplinary Institute for Artificial Intelligence (3iA) of Côte d'Azur. His research at the Institute of Chemistry of NICE is dedicated to experimental and computational metabolomics, with the goal of improving the detection of metabolites produced by the microbiome. The microbiome plays a crucial role in regulating biological functions such as immunity and metabolism, and can influence the onset of diseases in plants, animals, and humans. Understanding these interactions could have significant implications in fields such as health, agriculture, and ecological restoration.

11h30 - Présentation des activités de la Cellule Europe Mutualisée (CEM) et de la Maison de l'Europe et des Territoires (MET) par Aude BLOM-RAQUIN (30 min).
Présentation CEM & MET ici.

12h Discussions autour d'un buffet offert par l'Académie.