Cette rubrique regroupe les logiciels de déconvolution et analyse 3D disponibles sur la plateforme MICA.
Déconvolution - Accès Huygens Remote Manager (HRM)
L'outil Huygens Remonte Manager est dipsonible sur la plate-forme MICA et vous permet de lancer des déconvolution à distance. Il existe une passerelle entre la base de données Omero et HRM.
Création d'un compte HRM :
- Cliquer sur le lien vers la base HRM
- Cliquer sur la case "Sign up" en haut à droite
- Username : prénom.nom
- Research group : UCA-INSTITUT-NOM CHEF EQUIPE
La déconvolution est une opération mathématique utilisée pour corriger les images après acquisition. En effet, l'image d'un objet est déformée par les distorsions optiques (diffraction, aberrations). Cette distorsion spécifique du système optique utilisé, est appelée "Point Spread Function" (PSF).
L'image obtenue est le résultat d'une convolution entre l'objet et la PSF du système optique. Le processus de déconvolution permet donc à partir de d'une image acquise en 3D, d'utiliser une PSF expérimentale ou une PSF théorique, afin de restaurer une image de meilleure résolution.
Analyse et représentation 3/4D
L'analyse d'images 3D est l'étude de volumes reconstruits à partir de piles d'images de coupes optiques. La plateforme MICA Propose l'accès aux logiciels suivants:
- Volocity 6.3 (Perkin Elmer)
- Imaris 9.6 pour analyses 3D (Bitplane)
- Amira Extension XImagePAQ (Thermo Fisher)
- MATLAB
- Segmentation 3D
- Comptage d'objets
- Co-localisation
- Analyses morphologiques
- Suivi d'objets en 3D